Pakiet: r-bioc-densvis (1.16.0+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-densvis  ]

density-preserving data visualization via non-linear dimensionality reduction

Implements the density-preserving modification to t-SNE and UMAP described by Narayan et al. (2020) <doi:10.1101/2020.05.12.077776>. The non-linear dimensionality reduction techniques t-SNE and UMAP enable users to summarise complex high-dimensional sequencing data such as single cell RNAseq using lower dimensional representations. These lower dimensional representations enable the visualisation of discrete transcriptional states, as well as continuous trajectory (for example, in early development). However, these methods focus on the local neighbourhood structure of the data. In some cases, this results in misleading visualisations, where the density of cells in the low-dimensional embedding does not represent the transcriptional heterogeneity of data in the original high-dimensional space. den-SNE and densMAP aim to enable more accurate visual interpretation of high-dimensional datasets by producing lower-dimensional embeddings that accurately represent the heterogeneity of the original high-dimensional space, enabling the identification of homogeneous and heterogeneous cell states. This accuracy is accomplished by including in the optimisation process a term which considers the local density of points in the original high-dimensional space. This can help to create visualisations that are more representative of heterogeneity in the original high-dimensional space.

Inne pakiety związane z r-bioc-densvis

• dep: libblas3 [loong64, sparc64]

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, ppc64, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8) [loong64, sparc64]

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [amd64, arm64, loong64]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nie amd64, arm64, loong64]

• dep: liblapack3 [loong64, sparc64]

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie amd64, arm64, loong64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [loong64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.17 [nie amd64, arm64]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.20 [amd64, arm64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-basilisk

  freezing Python dependencies inside Bioconductor packages

• dep: r-cran-assertthat

  GNU R easy pre and post assertions

• dep: r-cran-irlba

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-reticulate

  R interface to Python modules, classes, and functions

• dep: r-cran-rtsne [amd64, arm64]

  GNU R T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding using a Barnes-Hut

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-rtsne [nie amd64, arm64]

  GNU R T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding using a Barnes-Hut

• sug: r-cran-testthat [nie loong64]

  GNU R testsuite

• sug: r-cran-uwot [nie loong64]

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

Pobieranie r-bioc-densvis

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	79,3 KiB	214,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.16.0+dfsg-2	82,6 KiB	204,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.16.0+dfsg-2	77,0 KiB	216,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	81,8 KiB	212,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	92,0 KiB	305,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	76,7 KiB	198,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	77,7 KiB	189,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	86,1 KiB	281,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	87,3 KiB	213,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	74,3 KiB	1 115,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.10.3+dfsg-1	80,8 KiB	193,0 KiB	[lista plików]