Pakiet: libjellyfish-perl (2.3.1-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Perl, Biblioteki, Zaimplementowane w: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rola: Biblioteka deweloperska

Inne pakiety związane z libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl [ia64]

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b2) [nie hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  Pakiet niedostępny

• dep: perlapi-5.38.2 [nie ia64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base

Pobieranie libjellyfish-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.3.1-3+b3	55,0 KiB	177,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.3.1-3+b3	49,9 KiB	229,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.3.1-2+b1	65,9 KiB	219,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.3.0-12	67,0 KiB	299,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.3.1-3+b4	48,5 KiB	234,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.3.1-3+b4	54,0 KiB	229,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.3.1-3+b4	54,9 KiB	153,0 KiB	[lista plików]