Pakiet: ariba (2.14.7+ds-2)

[ Pakiet źródłowy: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::application, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z ariba

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• dep: fastaq

  Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)

  error-tolerant HTML parser for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-pymummer

  Python 3 interface to MUMmer

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Pobieranie ariba

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mips64el	1 906,8 KiB	20 740,0 KiB	[lista plików]