Pakiet: mcaller (1.0.3+git20210624.b415090-3)

[ Pakiet źródłowy: mcaller  ]

find methylation in nanopore reads

   H
   |
 H-C-aller
   |
   H

This program is designed to call m6A from nanopore data using the differences between measured and expected currents.

Inne pakiety związane z mcaller

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-seaborn

  statistical visualization library for Python3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• rec: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

  lub poretools

  toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: graphmap

  Pakiet niedostępny

Pobieranie mcaller

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	18,5 KiB	83,0 KiB	[lista plików]