Pakiet: mafft (7.505-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Znaczniki: Biologia: Clustal/ALN, Białka, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::comparing, works-with-format::plaintext, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• rec: blast2

  Pakiet niedostępny

• rec: libwww-perl

  Prosty i spójny interfejs do WWW

• rec: lynx

  Klasyczna przeglądarka internetowa pracująca w trybie tekstowym (nie graficzna)

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Wielosekwencyjne wyrównanie

Pobieranie mafft

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	7.505-1	1 032,8 KiB	15 184,0 KiB	[lista plików]
amd64	7.505-1	1 052,5 KiB	11 920,0 KiB	[lista plików]
arm64	7.505-1	911,0 KiB	12 026,0 KiB	[lista plików]
armel	7.505-1	916,0 KiB	12 403,0 KiB	[lista plików]
armhf	7.505-1	765,3 KiB	9 139,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	7.505-1	890,5 KiB	11 092,0 KiB	[lista plików]
i386	7.505-1	983,3 KiB	13 119,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	7.505-1	1 103,2 KiB	24 053,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	7.505-1	968,3 KiB	10 923,0 KiB	[lista plików]
mips64el	7.505-1	873,9 KiB	14 427,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	7.505-1	1 036,3 KiB	16 784,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	7.505-1	1 019,2 KiB	16 336,0 KiB	[lista plików]
riscv64	7.505-1+b1	1 085,5 KiB	9 760,0 KiB	[lista plików]
s390x	7.505-1	891,0 KiB	13 010,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	7.505-1	879,0 KiB	11 959,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	7.505-1	1 056,5 KiB	33 604,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	7.505-1	1 041,3 KiB	11 379,0 KiB	[lista plików]