wszystkie opcje
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: idba  ]

Pakiet: idba (1.1.3-3)

Odnośniki dla idba

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego idba:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Inne pakiety związane z idba

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie idba

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
alpha (port nieoficjalny) 385,1 KiB2 951,0 KiB [lista plików]
amd64 371,8 KiB2 571,0 KiB [lista plików]
arm64 333,1 KiB2 191,0 KiB [lista plików]
armel 319,3 KiB2 199,0 KiB [lista plików]
armhf 329,5 KiB1 575,0 KiB [lista plików]
hppa (port nieoficjalny) 413,8 KiB2 863,0 KiB [lista plików]
hurd-i386 419,7 KiB2 823,0 KiB [lista plików]
i386 417,7 KiB2 831,0 KiB [lista plików]
kfreebsd-amd64 371,1 KiB2 559,0 KiB [lista plików]
kfreebsd-i386 419,9 KiB2 819,0 KiB [lista plików]
mips 390,8 KiB3 238,0 KiB [lista plików]
mips64el 387,0 KiB3 212,0 KiB [lista plików]
mipsel 402,8 KiB3 242,0 KiB [lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny) 380,2 KiB3 227,0 KiB [lista plików]
ppc64el 381,4 KiB3 035,0 KiB [lista plików]
riscv64 (port nieoficjalny) 370,8 KiB1 863,0 KiB [lista plików]
s390x 332,9 KiB2 703,0 KiB [lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny) 309,3 KiB2 355,0 KiB [lista plików]
x32 (port nieoficjalny) 361,4 KiB2 319,0 KiB [lista plików]