Pakiet: gubbins (3.3.3-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: gubbins  ]

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Inne pakiety związane z gubbins

• dep: fasttree [nie amd64, i386]

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-multiprocess [amd64, i386]

  better multiprocessing and multithreading in Python

• dep: python3-nose [nie amd64, i386]

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-numpy [amd64, i386]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-reportlab [nie amd64, i386]

  ReportLab library to create PDF documents using Python3

• dep: python3-scipy [amd64, i386]

  scientific tools for Python 3

• dep: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: iqtree

  efficient phylogenetic software by maximum likelihood

• rec: python3-numba

  native machine code compiler for Python 3

• sug: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

Pobieranie gubbins

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.3.5-1	53,5 KiB	201,0 KiB	[lista plików]
amd64	3.3.3-1	89,4 KiB	474,0 KiB	[lista plików]
i386	3.3.3-1	90,5 KiB	477,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.3.5-1	46,0 KiB	174,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.3.5-1	55,4 KiB	312,0 KiB	[lista plików]
riscv64 (port nieoficjalny)	2.3.5-1	48,1 KiB	168,0 KiB	[lista plików]