Pakiet: r-bioc-grohmm (1.36.0-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-grohmm  ]

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Inne pakiety związane z r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.18 [nie x32]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-mass

  GNU R package of Venables and Ripley's MASS

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

Pobieranie r-bioc-grohmm

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.36.0-1	4 343,2 KiB	4 523,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.36.0-1	4 342,9 KiB	4 515,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.36.0-1	4 340,8 KiB	4 523,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.36.0-1	4 343,5 KiB	4 516,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.36.0-1	4 349,2 KiB	4 558,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.36.0-1	4 340,4 KiB	4 526,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.36.0-1	4 346,3 KiB	4 588,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.36.0-1	4 346,4 KiB	4 523,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.36.0-1	4 342,6 KiB	4 499,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.36.0-1	4 344,1 KiB	4 515,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.36.0-1	4 344,3 KiB	4 522,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.32.0-1	4 332,9 KiB	4 498,0 KiB	[lista plików]