Pakiet: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bio-rainbow  ]

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Inne pakiety związane z bio-rainbow

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie bio-rainbow

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	62,7 KiB	210,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.0.4+dfsg-2	58,8 KiB	186,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.0.4+dfsg-2+b3	57,5 KiB	307,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.0.4+dfsg-2	56,0 KiB	143,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	63,2 KiB	194,0 KiB	[lista plików]
i386	2.0.4+dfsg-2	63,9 KiB	203,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	75,4 KiB	311,0 KiB	[lista plików]
loong64	2.0.4+dfsg-2	61,4 KiB	305,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	56,1 KiB	175,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	65,8 KiB	306,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.0.4+dfsg-2	65,6 KiB	306,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.0.4+dfsg-2+b3	63,3 KiB	163,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.0.4+dfsg-2	55,9 KiB	194,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	65,9 KiB	167,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	52,9 KiB	181,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.0.4+dfsg-2	59,3 KiB	183,0 KiB	[lista plików]