Pakiet: maq (0.7.1-10)

[ Pakiet źródłowy: maq  ]

Mapowanie krótkich, ustalonej długości polimorficznych sekwencji DNA na sekwencje referencyjne

Maq (skrót od Mapping and Assembly with Quality) tworzy zestawy mapujące z krótkich odczytów generowanych przez sekwencjonatory nowej generacji. Maq został zaprojektowany specjalnie dla analizatora genetycznego Illumina-Solexa 1G i posiada wstępną funkcjonalność, która umożliwia obsługę danych ABI SOLiD. Maq był wcześniej znany jako mapass2.

Rozwój Maqa zakończył się w 2008 roku. Jego następcami są BWA i SAMtools.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::utility, Przeznaczenie: Wymaga dodatkowego znacznika, Analizowanie, use::comparing, use::searching, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z maq

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie maq

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	295,1 KiB	545,0 KiB	[lista plików]