Pakiet: vdjtools (1.2.1+git20190311+repack-2) [non-free]

[ Pakiet źródłowy: vdjtools  ]

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

VDJtools is an open-source Java/Groovy-based framework designed to facilitate analysis of immune repertoire sequencing (RepSeq) data. VDJtools computes a wide set of statistics and is able to perform various forms of cross-sample analysis. Both comprehensive tabular output and publication-ready plots are provided.

The main aims of the VDJtools Project are:

 * To ensure consistency between post-analysis methods and results
 * To save the time of bioinformaticians analyzing RepSeq data
 * To create an API framework facilitating development of new RepSeq
   analysis applications
 * To provide a simple enough command line tool so it could be used by
   immunologists and biologists with little computational background

Inne pakiety związane z vdjtools

• dep: default-jre

  Standardowe lub kompatybilne środowisko uruchomieniowe Javy

• dep: libvdjtools-java

  Java library of vdjtools

• rec: r-cran-ape

  GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• rec: r-cran-circlize

  Circular Visualization

• rec: r-cran-ffield

  Pakiet niedostępny

• rec: r-cran-ggplot2

  Implementacja gramatyki grafiki

• rec: r-cran-gplots

  Pakiet GNU R z narzędziami do tworzenia wykresów danych autorstwa Grega Warnesa i innych

• rec: r-cran-gridbase

  Pakiet GNU R do integracji grafiki bazowej i siatkowej

• rec: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

• rec: r-cran-mass

  Pakiet MASS dla GNU R autorstwa Venablesa i Ripleya

• rec: r-cran-plotrix

  GNU R package providing various plotting functions

• rec: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• rec: r-cran-reshape

  Flexibly reshape data

• rec: r-cran-reshape2

  Elastyczne przekształcanie danych: ponowne uruchomienie pakietu Reshape

• rec: r-cran-scales

  Funkcje skali do wizualizacji danych

• rec: r-cran-venndiagram

  Generowanie wykresów Venna i Eulera o wysokiej rozdzielczości

Pobieranie vdjtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	42,2 KiB	53,0 KiB	[lista plików]