Pakiet: srst2 (0.2.0-6)

[ Pakiet źródłowy: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Inne pakiety związane z srst2

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy

  scientific tools for Python

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: python-rpy2

  Python 2 interface to the GNU R language and environment (version 2.8)

Pobieranie srst2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	59,3 KiB	259,0 KiB	[lista plików]