Pakiet: toppred (1.10-7)

[ Pakiet źródłowy: toppred  ]

transmembrane topology prediction

Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.

Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.

Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png

The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.

This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm

Inne pakiety związane z toppred

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [nie arm64]

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  Biblioteka graficzna GD

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

  Biblioteka PNG - uruchomieniowa (wersja 1.6)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie toppred

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	60,9 KiB	151,0 KiB	[lista plików]
arm64	59,5 KiB	147,0 KiB	[lista plików]
armhf	58,0 KiB	135,0 KiB	[lista plików]
i386	62,0 KiB	151,0 KiB	[lista plików]