Pakiet: samtools (1.9-4)

[ Pakiet źródłowy: samtools  ]

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Samtools to zestaw narzędzi zarządzających dopasowaniami sekwencji nukleotydów w binarnym formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatów ascii SAM (Sequence Alignment/Map) i CRAM, sortuje, łączy i indeksuje, a także umożliwia szybkie pobieranie odczytów z dowolnych regionów. Został zaprojektowany do pracy na strumieniu i może otwierać plik BAM lub CRAM (ale nie w formacie SAM) na zdalnym serwerze FTP lub HTTP.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Sieć: Klient, Protokół sieciowy: FTP, protocol::http, role::program, Zakres: Narzędzie, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, use::calculating, Filtrowanie, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z samtools

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]

• dep: libhts2 (>= 1.9)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armhf]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

• rec: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

Pobieranie samtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	432,3 KiB	1 008,0 KiB	[lista plików]
arm64	413,7 KiB	952,0 KiB	[lista plików]
armhf	400,4 KiB	785,0 KiB	[lista plików]