Pakiet: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)
Odnośniki dla pdb2pqr
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego pdb2pqr:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Steffen Moeller (Strona QA)
- Manuel Prinz (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [www.cgl.ucsf.edu]
Podobne pakiety:
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:
* Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures * Determining side-chain pKas * Placing missing hydrogens * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.
Inne pakiety związane z pdb2pqr
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]
- Biblioteka wspomagająca GCC
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
-
- dep: libpython2.7 (>= 2.7)
- Współdzielona biblioteka uruchomieniowa Pythona (wersja 2.7)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: python
- Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)
-
- dep: python-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks
-
- dep: python-numpy
- Szybkie dodawanie obiektów tablicy, moduł do języka Python
-
- sug: apbs
- Adaptive Poisson Boltzmann Solver
-
- enh: autodocktools
- Pakiet niedostępny
Pobieranie pdb2pqr
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
amd64 | 376,3 KiB | 2 890,0 KiB | [lista plików] |
arm64 | 367,4 KiB | 2 885,0 KiB | [lista plików] |
armhf | 359,7 KiB | 2 705,0 KiB | [lista plików] |
i386 | 382,7 KiB | 2 842,0 KiB | [lista plików] |