Pakiet: murasaki-common (1.68.6-8)

[ Pakiet źródłowy: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package contains all files that are common to the single core murasaki package and the multi core murasaki-mpi package.

Inne pakiety związane z murasaki-common

• dep: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

  lub gnuplot5

  Pakiet niedostępny

• dep: imagemagick

  image manipulation programs -- binaries
  również pakiet wirtualny udostępniany przez graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl core perl modules

• dep: r-cran-rocr

  GNU R package to prepare and display ROC curves

• rec: libterm-readkey-perl

  perl module for simple terminal control

• rec: libtext-wrapi18n-perl

  Umiędzynarodowiony zamiennik dla Text::Wrap

  lub libtext-wrapper-perl

  simple word wrapping routine

Pobieranie murasaki-common

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	139,2 KiB	427,0 KiB	[lista plików]