Pakiet: prime-phylo (1.0.11-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Inne pakiety związane z prime-phylo

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-mpi1.67.0

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.67.0

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.23)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libopenmpi3

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  Biblioteka GNOME XML

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• sug: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• sug: treeviewx

  Wyświetla i drukuje drzewa filogenetyczne

Pobieranie prime-phylo

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.0.11-7+b1	829,7 KiB	3 460,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.0.11-7+b1	744,5 KiB	3 279,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.0.11-7+b1	664,1 KiB	1 929,0 KiB	[lista plików]
i386	1.0.11-7+b1	896,0 KiB	3 413,0 KiB	[lista plików]