wszystkie opcje
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: pdb2pqr  ]

Pakiet: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

Odnośniki dla pdb2pqr

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego pdb2pqr:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Inne pakiety związane z pdb2pqr

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie pdb2pqr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 376,3 KiB2 890,0 KiB [lista plików]
arm64 367,4 KiB2 885,0 KiB [lista plików]
armel 357,9 KiB2 821,0 KiB [lista plików]
armhf 359,7 KiB2 705,0 KiB [lista plików]
i386 382,7 KiB2 842,0 KiB [lista plików]
mips 362,0 KiB3 078,0 KiB [lista plików]
mips64el 366,3 KiB3 143,0 KiB [lista plików]
mipsel 365,5 KiB3 078,0 KiB [lista plików]
ppc64el 377,7 KiB3 105,0 KiB [lista plików]
s390x 376,4 KiB3 033,0 KiB [lista plików]