Pakiet: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-3 i inne) [non-free]

[ Pakiet źródłowy: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z cufflinks

• dep: libboost-serialization1.67.0

  serialization library for C++

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.23)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• enh: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

Pobieranie cufflinks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armhf	2.2.1+dfsg.1-3+b1	1 079,9 KiB	6 034,0 KiB	[lista plików]