Pakiet: spades (3.13.1+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: spades  ]

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Zaimplementowane w: Python, Interfejs użytkownika: interface::commandline, role::program, Zakres: Narzędzie, Działa z: works-with::biological-sequence, works-with::file

Inne pakiety związane z spades

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-distutils

  distutils package for Python 3.x

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie spades

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	3.13.1+dfsg-2+b2	4 664,7 KiB	22 622,0 KiB	[lista plików]