Pakiet: quicktree (2.5-5)

[ Pakiet źródłowy: quicktree  ]

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

Inne pakiety związane z quicktree

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

  lub hmmer2

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Pobieranie quicktree

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	20,5 KiB	56,0 KiB	[lista plików]
arm64	19,2 KiB	56,0 KiB	[lista plików]
armel	19,8 KiB	56,0 KiB	[lista plików]
armhf	17,5 KiB	44,0 KiB	[lista plików]
i386	21,3 KiB	60,0 KiB	[lista plików]
mips64el	21,1 KiB	64,0 KiB	[lista plików]
mipsel	20,9 KiB	62,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	23,3 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
s390x	19,7 KiB	60,0 KiB	[lista plików]