Pakiet: maq (0.7.1-9)

[ Pakiet źródłowy: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::utility, Przeznaczenie: Wymaga dodatkowego znacznika, Analizowanie, use::comparing, use::searching, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nie amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie maq

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	295,7 KiB	543,0 KiB	[lista plików]
arm64	286,7 KiB	519,0 KiB	[lista plików]
armel	285,5 KiB	530,0 KiB	[lista plików]
armhf	286,9 KiB	474,0 KiB	[lista plików]
i386	306,2 KiB	575,0 KiB	[lista plików]
mips64el	296,9 KiB	578,0 KiB	[lista plików]
mipsel	303,5 KiB	577,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	304,8 KiB	647,0 KiB	[lista plików]
s390x	288,4 KiB	547,0 KiB	[lista plików]