Pakiet: indelible (1.03-5)

[ Pakiet źródłowy: indelible  ]

powerful and flexible simulator of biological evolution

INDELible is a new, portable, and flexible application for biological sequence simulation that combines many features in the same place for the first time. Using a length-dependent model of indel formation it can simulate evolution of multi-partitioned nucleotide, amino-acid, or codon data sets through the processes of insertion, deletion, and substitution in continuous time.

Nucleotide simulations may use the general unrestricted model or the general time reversible model and its derivatives, and amino-acid simulations can be conducted using fifteen different empirical rate matrices. Substitution rate heterogeneity can be modeled via the continuous and discrete gamma distributions, with or without a proportion of invariant sites. INDELible can also simulate under non-homogeneous and non-stationary conditions where evolutionary models are permitted to change across a phylogeny.

Unique among indel simulation programs, INDELible offers the ability to simulate using codon models that exhibit nonsynonymous/synonymous rate ratio heterogeneity among sites and/or lineages.

Inne pakiety związane z indelible

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie indelible

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	409,5 KiB	1 463,0 KiB	[lista plików]
arm64	371,6 KiB	1 291,0 KiB	[lista plików]
armel	395,9 KiB	1 398,0 KiB	[lista plików]
armhf	402,3 KiB	1 194,0 KiB	[lista plików]
i386	411,5 KiB	1 514,0 KiB	[lista plików]
mips64el	375,9 KiB	1 444,0 KiB	[lista plików]
mipsel	390,3 KiB	1 497,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	398,7 KiB	1 439,0 KiB	[lista plików]
s390x	363,4 KiB	1 387,0 KiB	[lista plików]