Pakiet: hts-nim-tools (0.2.1-1)

[ Pakiet źródłowy: hts-nim-tools  ]

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

This package provides several tools that (at least at the time of their creation) provide functionalities beyond the routine provided by samtools and other reverse dependencies of the htslib.

These new tools are

 • bam-filter : filter BAM/CRAM/SAM files with a simple expression language
 • count-reads: count BAM/CRAM reads in regions given in a BED file
 • vcf-check  : check regions of a VCF against a background for missing chunks

and yes, as the name suggests, these tools are all implemented in nim, using the nim-hts (upstream: hts-nim) wrapper for the htslib.

Inne pakiety związane z hts-nim-tools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: nim-hts-dev

  wrapper for hts C library

Pobieranie hts-nim-tools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	198,0 KiB	864,0 KiB	[lista plików]
arm64	164,6 KiB	844,0 KiB	[lista plików]
armel	182,9 KiB	832,0 KiB	[lista plików]
armhf	182,9 KiB	604,0 KiB	[lista plików]
i386	186,0 KiB	843,0 KiB	[lista plików]
mips64el	137,8 KiB	951,0 KiB	[lista plików]
mipsel	141,6 KiB	934,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	158,6 KiB	916,0 KiB	[lista plików]