Pakiet: r-bioc-deseq2 (1.30.1+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Inne pakiety związane z r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis3-openmp, libblis3-pthread, libblis3-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.4-1)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-genefilter

  methods for filtering genes from microarray experiments

• dep: r-bioc-geneplotter

  R package of functions for plotting genomic data

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• rec: r-bioc-glmgampoi

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• rec: r-bioc-tximport

  transcript-level estimates for biological sequencing

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-cran-biocmanager

  access the Bioconductor project package repository

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  GNU R package providing progress bars for vectorized R functions

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Pobieranie r-bioc-deseq2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 265,5 KiB	1 956,0 KiB	[lista plików]
arm64	1 252,3 KiB	1 916,0 KiB	[lista plików]
armel	1 256,6 KiB	1 930,0 KiB	[lista plików]
armhf	1 254,2 KiB	1 858,0 KiB	[lista plików]
i386	1 233,7 KiB	1 929,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 255,0 KiB	1 970,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1 258,6 KiB	1 966,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 266,2 KiB	2 008,0 KiB	[lista plików]
s390x	1 258,9 KiB	1 952,0 KiB	[lista plików]