Pakiet: canu (2.0+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Inne pakiety związane z canu

• dep: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Pakiet niedostępny

Pobieranie canu

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1 182,4 KiB	8 799,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1 077,8 KiB	9 886,0 KiB	[lista plików]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1 027,4 KiB	9 663,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1 041,9 KiB	7 955,0 KiB	[lista plików]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1 317,8 KiB	10 030,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1 297,2 KiB	12 589,0 KiB	[lista plików]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1 351,8 KiB	12 568,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1 204,7 KiB	12 855,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1 073,5 KiB	8 954,0 KiB	[lista plików]