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パッケージ: maq (0.7.1-5)

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maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 実装言語: Perl, ユーザインタフェース: interface::commandline, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 追加のタグが必要, use::analysing, use::comparing, 検索, サポート形式: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

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