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パッケージ: maqview (0.2.5-4)

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短い遺伝子配列用のグラフィカル読み取りアライメントビューア

Maqview は、グラフィカル読み取りアライメント・ビューアです。これは特に、 Maq アライメントファイルについて、不一致や基本品質、マッピング品質を 確認できるように設計されています。Maqview は Consed または GAP のように 派手ではありませんが、特定の領域で何が起きているかを参照できるシンプルな ビューアです。

James Bonfield によって書かれたテキストベースの読み取りアライメント・ ビューア tgap-maq と比較すると、Maqview は高速で、インデックス作成は はるかに少ないメモリとディスクスペースで済みます。これは tgap が汎用 ビューアを目指しているためどうしてもそうなりますが、Maqview は Maq アライメントファイルはソート済みであるという事実を利用しています。 Maqview は閲覧も効率的で、Maq アライメントファイルの任意の領域を素早く 取得するためのコマンドラインツールを提供します。

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