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パッケージ: wise (2.4.1-10)

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生体高分子の比較、 一般に DNA 配列とタンパク質配列

Wise2 は生体高分子、一般的には DNA 配列とタンパク質配列の比較に焦点を合わ せたパッケージです。それができるパッケージは他にも多数存在しますが、もっと もよく知られているものは BLAST パッケージ (NCBI 由来) と Fasta パッケージ (Bill Pearson 由来) でしょう。他に、HMMER パッケージ (Sean Eddy) や SAM パッケージ (カリフォルニア大学サンタクルーズ校) など、生体高分子の隠れマル コフモデル (HMM) に着目したパッケージもあります。

Wise2 の特筆すべき長所は、DNA 配列をタンパク質に翻訳した配列のレベルで比較 することです。この比較により、たとえば遺伝子構造をホモロジーベースのアライ メントと同時に予測することができます。

Wise2 はそれ以外のアルゴリズムも搭載しています。たとえば、由緒ある Smith-Waterman アルゴリズムや、Stephen Altschul の汎用ギャップペナルティと いったより最新のアルゴリズム、そして、たとえば dba のような組織内で開発中の 実験的なアルゴリズムでさえも搭載しています。これらのアルゴリズム開発は、 Wise2 が利用されている環境において、この手のアルゴリズム開発が気楽に行われ ていることに由来しています。

Wise2 は再利用とメンテナンスしやすさの観点からも書かれています。Wise2 は C 言語だけで書かれたパッケージですが、Perl から直接その機能にアクセス可能で す。パッケージの一部 (あるいはパッケージ全体) は他の C / C++ プログラムから 名前空間の衝突無しに使用することができます。これは、すべての外部にリンクさ れた変数の先頭に固有の識別子 Wise2 が付加されているからです。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with::TODO

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