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パッケージ: gff2aplot (2.0-7)

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PostScript によるゲノム配列用のペアワイズアライメント (整列) プロット

二つのゲノム配列のアライメントを、その配列のアノテーション (注釈) と一緒に可 視化するプログラムです。GFF フォーマットの入力ファイルから、アライメントの PostScript 図面を作成します。以下に、gff2aplot の多彩な機能を紹介します。

 * あらゆる GFF フィーチャーに対する理解しやすいアライメントのプロット。属
   性は、別々に定義されるので、特定のファイルの属性だけを修正したり、異なるデ
   ータセットにまたがって同じカスタマイズを共有することもできます。
 * すべてのパラメータはデフォルトでプログラム内部にて設定済ですが、gff2ps に
   類似した柔軟性の高いカスタマイズ用ファイルを介してフルに設定することも可能
   です。カスタマイズ用ファイルを複数処理し、対応する図面を作成する前に全ての
   設定を集約できます。さらに、すべてのカスタマイズ用パラメータはコマンドライ
   ンスイッチを介してセットでき、ユーザはカスタマイズ用ファイルにこれらのパラ
   メータを追加する前にカスタマイズを試すことができます。
 * 元データの順番は入力ファイルから取得するので、ファイルの順番を入れ替えるこ
   とで、アライメントとそのアノテーションを新たな入力の配置で可視化することが
   できます。
 * すべてのアライメントスコアは、グレースケール、ユーザ定義の色スケールまたは
   スコアによって変化するグラデーションを使って、gff2aplot 領域の下にあるピク
   チャーインピクチャー (画像内画像) ボックスに可視化できます。
 * スケーラブルフォントに対応し、基本的な PostScript のデフォルトのフォントの
   中からも選択できます。フィーチャーラベルおよびグループラベルは、可読性を向
   上させるため、アノテーション座標軸のどちらの方向にも回転できます。
 * このプログラムは、Unix 上のフィルタとして書かれているので、ファイル、リダ
   イレクトおよびパイプからのデータを扱うことができ、出力データの標準出力への
   出力や標準エラー出力への警告の出力も可能です。
 * gff2aplot は、ユーザ定義サイズを含む、数多くの物理的ページ形式 (A0 から
   A10 まで、さらに他にも - 利用可能なページサイズはマニュアル参照 -) を管理
   可能です。ゆえに、たとえば、ポスターサイズのゲノムマップの作成や、連続用
   紙をサポートするプロッタの利用ができ、それも横長と縦長の両方が利用可能で
   す。
 * 同じアライメントプロットに異なる複数のアライメントを作図し、それぞれ異なる
   色を用いて区別できます。
 * 外見 (shape) 辞書は拡張し続けており、追加のフィーチャー用の外見 (shape) が
   現在利用可能です。(マニュアル参照)
 * アライメントプロットを経由するアノテーションの投影 (いわゆるリボン) は、補
   色による色塗りパターンを使って透過をエミュレートします。この機能により、水
   平リボンと水平リボンが重なった場合に仮想混合色を表示します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, ユーザインタフェース: コマンドライン, interface::shell, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: データの変換, use::viewing, works-with-format::plaintext, サポート形式: works-with-format::postscript, works-with::TODO, 取り扱い対象: ベクタ画像

その他の gff2aplot 関連パッケージ

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