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パッケージ: autodock (4.2.3-2)

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タンパク質構造に結合するリガンドの分析ツール

AutoDock は、かなり小さいリガンド化学物質がかなり大きな受容体タンパク質への ドッキングする様子のシミュレーションを処理するプログラム群の代表パッケージ です。以前のバージョンでは、配位子はすべての柔軟性を持っているのに対して、 タンパク質は比較的剛直でした。この最新バージョン 4 は、表面残基の側鎖を選択 して柔軟性を持たせることができます。すなわち、回転異性体を考慮に入れること ができます。

AutoDock プログラムは、ターゲットタンパク質を記述するグリッド・セットへのリ ガンドの結合を処理します。このグリッドは AutoGrid により事前に計算されます。

タグ: 分野: 生物学, 構造生物学, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, works-with-format::TODO, 取り扱い対象: 3D モデル, 追加のタグが必要

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