パッケージ: prime-phylo (1.0.11-10 など)

[ ソース: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

その他の prime-phylo 関連パッケージ

• dep: libblas3

  基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

  または libblas.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: liblapack3

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

  または liblapack.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  GNOME XML ライブラリ

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

prime-phylo のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.0.11-10+b1	825.5 kB	3,221.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.11-10+b1	734.8 kB	3,380.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.11-10+b1	694.3 kB	2,649.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.11-10+b1	707.3 kB	2,093.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.11-10+b1	887.8 kB	3,177.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.11-10+b1	692.2 kB	3,789.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.11-10+b1	821.0 kB	3,892.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.11-10+b1	800.7 kB	3,248.0 kB	[ファイル一覧]