[ ソース: paleomix ]
パッケージ: paleomix (1.3.8-1)
paleomix に関するリンク
Debian の資源:
paleomix ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [geogenetics.ku.dk]
類似のパッケージ:
古今の HTS データ処理用パイプラインおよびツール
PALEOMIX パイプラインは High-Throughput Sequencing (HTS) データの高速処理を支援するために設計された一連のパイプラインとツールです。 BAM パイプラインはいくつかのサンプルから得たデマルチプレクスされたリードを 処理しシーケンス処理とアライメントを通じて、下流の解析に便利な BAM アライメントを生成します。Phylogenetic パイプラインは BAM パイプラインやその他のツールが生成した BAM アラインメントファイルに対して遺伝子型解析と系統発生推定を行います。 Zonkey パイプラインは太古のウマ集合における F1-ハイブリッドの存在を検知する ために低被覆率ウマアライメントについて一連の解析を行います。加えて、 PALEOMIX はエクストラクトに対するメタ遺伝子解析も支援します。
これらのパイプラインは太古の DNA (aDNA) を念頭に設計されており、太古の サンプルの解析に特に有用ないくつかの機能を含んでいます。しかし、 データ処理の整合性を保証するために新しいサンプルに用いることもできます。
その他の paleomix 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: adapterremoval
- rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences
-
- dep: bcftools
- ゲノムの variant call と VCF/BCF ファイルの操作
-
- dep: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
-
- dep: examl
- Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference
-
- dep: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
-
- dep: mapdamage
- tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
-
- dep: phylip
- package of programs for inferring phylogenies
-
- dep: picard-tools
- Command line tools to manipulate SAM and BAM files
-
- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
-
- dep: python3-coloredlogs
- colored terminal output for Python 3's logging module
-
- dep: python3-configargparse
- replacement for argparse with config files and environment variables
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruamel.yaml
- roundtrip YAML parser/emitter (Python 3 module)
-
- dep: python3-setproctitle
- Setproctitle implementation for Python 3
-
- dep: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
-
- dep: radiant
- explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats