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パッケージ: miniasm (0.2+dfsg-2 など)

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類似のパッケージ:

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, science::calculation, 目的: 計算, use::comparing, works-with::biological-sequence

その他の miniasm 関連パッケージ

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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 0.2+dfsg-2+b1 28.8 kB71.0 kB [ファイル一覧]
arm64 0.2+dfsg-2+b1 24.9 kB63.0 kB [ファイル一覧]
armel 0.2+dfsg-2+b1 28.1 kB71.0 kB [ファイル一覧]
armhf 0.2+dfsg-2+b1 26.6 kB55.0 kB [ファイル一覧]
i386 0.2+dfsg-2+b1 30.8 kB75.0 kB [ファイル一覧]
mips 0.2+dfsg-2+b1 30.1 kB78.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 0.2+dfsg-2+b1 29.5 kB79.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 0.2+dfsg-2+b1 30.2 kB78.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 0.2+dfsg-2+b1 27.8 kB83.0 kB [ファイル一覧]
s390x 0.2+dfsg-2+b1 28.2 kB75.0 kB [ファイル一覧]