パッケージ: unicycler (0.5.0+dfsg-1)

[ ソース: unicycler  ]

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

その他の unicycler 関連パッケージ

• dep: bcftools

  ゲノムの variant call と VCF/BCF ファイルの操作

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: miniasm

  ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python3 用配布用ユーティリティへの機能強化

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: spades (>= 3.14)

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

unicycler のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	843.0 kB	3,108.0 kB	[ファイル一覧]