パッケージ: clonalframe (1.2-11 など) [debports]
clonalframe に関するリンク
Debian の資源:
ソースパッケージをダウンロード:
見つかりませんメンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [www.xavierdidelot.xtreemhost.com]
類似のパッケージ:
多座配列データを用いたバクテリアの小進化推定
ClonalFrame はサンプル中のメンバー間のクローン関係を同定します。また、 クローン継承を打ち切った染色体の相同組み換えイベントの位置を推定します。
ClonalFrame は DNA の単一フラグメントからゲノム全体まで、どんな種類の 配列データにも適用できます。7つの遺伝子フラグメントがシーケンシングされている MLST データの解析に最も適していますが、シーケンシングされた領域の長さと個数の 両方が増え、ゲノム全体までおよぶにつれて段階的により強力になっていきます。 しかし、配列はアラインされている必要があります。もしアラインされていないゲノム データをお持ちなら、バクテリアゲノム全体を ClonalFrame が必要とするまさに その形式でアラインしてくれる Mauve を利用することをお勧めします。
その他の clonalframe 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.7)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgsl27 (>= 2.7.1)
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
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- dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1)
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- sug: clonalframeml
- Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes