[ ソース: ugene ]
パッケージ: ugene (49.1+dfsg-2 など)
ugene に関するリンク
Debian の資源:
ugene ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Olivier Sallou (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [ugene.unipro.ru]
類似のパッケージ:
integrated bioinformatics toolkit
Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.
その他の ugene 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgl1
- ベンダー中立な GL ディスパッチライブラリ -- 旧式 GL サポート
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- dep: libglu1-mesa
- Mesa OpenGL ユーティリティライブラリ (GLU)
- または libglu1
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libglu1-mesa
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- dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)
- Qt 5 コアモジュール
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- dep: libqt5gui5t64 (>= 5.14.1)
- Qt 5 GUI モジュール
- または libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)
- Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant
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- dep: libqt5network5t64 (>= 5.15.1)
- Qt 5 ネットワークモジュール
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- dep: libqt5printsupport5t64 (>= 5.0.2)
- Qt 5 print support module
-
- dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 スクリプトモジュール
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- dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 script tools module
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- dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 SVG モジュール
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- dep: libqt5test5t64 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 test module
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- dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)
- Qt 5 ウィジェットモジュール
-
- dep: libqt5xml5t64 (>= 5.1.0)
- Qt 5 XML モジュール
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- dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)
- SQLite 3 共有ライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libx11-6
- X11 クライアントサイドライブラリ
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- dep: libxtst6
- X11 のテスト -- Record 拡張ライブラリ
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- dep: ugene-data
- required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
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- rec: bowtie
- Ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- rec: clark
- パッケージは利用できません
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- rec: clustalo
- General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
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- rec: clustalw
- global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
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- rec: cutadapt
- Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
-
- rec: default-jre-headless
- Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
-
- rec: fastqc
- quality control for high throughput sequence data
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- rec: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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- rec: hmmer
- タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル
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- rec: hmmer2
- タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル
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- rec: kalign
- グローバルおよびプログレッシブ多重配列アライメント
-
- rec: kraken
- assigning taxonomic labels to short DNA sequences
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- rec: macs
- Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
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- rec: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
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- rec: metaphlan2
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: metaphlan
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- rec: mrbayes
- Bayesian Inference of Phylogeny
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- rec: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
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- rec: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
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- rec: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
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- rec: primer3
- tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
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- rec: r-base
- GNU R 統計計算・グラフィックスシステム
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- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- rec: spades
- genome assembler for single-cell and isolates data sets
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- rec: t-coffee
- Multiple Sequence Alignment
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- rec: trimmomatic
- flexible read trimming tool for Illumina NGS data
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- rec: vcftools
- Collection of tools to work with VCF files
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- rec: wevote
- パッケージは利用できません
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- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq