パッケージ: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 など)

[ ソース: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

その他の lumpy-sv 関連パッケージ

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64 以外]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

lumpy-sv のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-7+b1	185.1 kB	806.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205.3 kB	689.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168.9 kB	677.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162.2 kB	567.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169.2 kB	443.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-1	192.6 kB	673.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221.6 kB	735.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-7+b1	238.6 kB	1,187.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-7+b1	184.6 kB	627.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175.8 kB	777.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-1	182.5 kB	803.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194.5 kB	805.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189.7 kB	537.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-7+b1	222.3 kB	676.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-1	151.6 kB	584.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.3.1+dfsg-7+b1	211.4 kB	671.0 kB	[ファイル一覧]