パッケージ: hisat2 (2.2.1-4 など)

[ ソース: hisat2  ]

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

その他の hisat2 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, x32 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [x32 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• rec: bcftools

  ゲノムの variant call と VCF/BCF ファイルの操作

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

hisat2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.2.1-4+b3	3,744.0 kB	14,388.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.2.1-4+b3	3,613.3 kB	14,302.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.2.1-4+b3	3,374.5 kB	13,034.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.2.1-4+b3	3,379.9 kB	13,272.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.2.1-4+b3	3,327.3 kB	11,674.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.2.1-4+b3	3,907.8 kB	14,534.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.2.1-4+b3	3,552.0 kB	14,950.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.2.1-4+b3	4,617.6 kB	20,576.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.2.1-4	3,454.8 kB	14,587.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.2.1-4+b3	3,466.8 kB	14,358.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.2.1-4+b3	3,509.6 kB	14,186.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.2.1-4+b3	3,577.1 kB	14,058.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.2.1-4+b2	3,777.5 kB	12,706.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.2.1-4+b3	3,185.3 kB	13,596.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.2.1-4+b3	3,281.3 kB	15,874.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.2.0-2	3,563.7 kB	14,217.0 kB	[ファイル一覧]