パッケージ: hhsuite (3.3.0+ds-8 など)

[ ソース: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

その他の hhsuite 関連パッケージ

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  simple index/database for huge amounts of small files

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64 以外]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

hhsuite のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.3.0+ds-8	10,327.0 kB	79,946.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.3.0+ds-8	53,844.3 kB	464,795.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.3.0+ds-8	10,148.6 kB	77,878.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3.3.0+ds-8	10,179.6 kB	77,665.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3.3.0+ds-8	10,144.3 kB	75,637.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	3.3.0+ds-2	10,281.4 kB	77,679.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3.3.0+ds-8	72,219.2 kB	624,406.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	3.3.0+ds-8	24,380.8 kB	86,383.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	3.3.0+ds-8	10,253.5 kB	78,285.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.3.0+ds-8	10,091.0 kB	79,847.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	3.3.0+ds-2	10,250.3 kB	79,324.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.3.0+ds-8	10,333.8 kB	79,798.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.3.0+ds-8+b1	10,375.9 kB	76,735.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	3.3.0+ds-8	10,504.4 kB	78,760.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	3.3.0+ds-2	10,110.0 kB	77,955.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	3.3.0+ds-8	10,432.0 kB	77,929.0 kB	[ファイル一覧]