[ ソース: gsort ]
パッケージ: gsort (0.1.4-3 など)
sort genomic data
gsort is a tool to sort genomic files according to a genomefile. For example, to sort VCF to have order: X, Y, 2, 1, 3, ... and the header needs to be kept at the top.
As a more likely example, if a file nneds to be sorted to match GATK order (1 ... X, Y, MT) which is not possible with any other sorting tool. With gsort one can simply place MT as the last chrom in the ".genome" file.
It will also be useful for getting files ready for use in bedtools.
その他の gsort 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
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- dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]
- Runtime library for GNU Go applications
gsort のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 0.1.4-3+b9 | 168.2 kB | 806.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 0.1.4-3+b15 | 1,870.6 kB | 5,421.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 0.1.4-3+b15 | 1,612.4 kB | 5,141.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 0.1.4-3+b15 | 1,598.9 kB | 5,308.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 0.1.4-3+b15 | 1,592.2 kB | 5,280.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 0.1.4-3+b15 | 1,739.2 kB | 5,344.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 0.1.4-3+b15 | 1,460.8 kB | 5,992.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 0.1.4-3+b10 | 195.7 kB | 1,123.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 0.1.4-3+b15 | 1,606.3 kB | 5,332.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 (非公式の移植版) | 0.1.4-3+b9 | 1,551.6 kB | 5,008.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 0.1.4-3+b15 | 1,710.6 kB | 5,697.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 0.1.4-3+b8 | 165.5 kB | 1,257.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 0.1.4-3+b10 | 175.1 kB | 703.0 kB | [ファイル一覧] |