[ ソース: flexbar ]
パッケージ: flexbar (1:3.5.0-5 など)
flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.
Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.
その他の flexbar 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libbz2-1.0
- 高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 12) [alpha, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
-
- dep: libtbb12 (>= 2021.11.0) [riscv64]
- parallelism library for C++ - runtime files
- dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]
- dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]
- dep: libtbb12 (>= 2021.7.0) [sparc64]
- dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [amd64, hppa, riscv64, sparc64 以外]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
flexbar のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 323.8 kB | 1,409.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 1:3.5.0-5 | 347.6 kB | 1,165.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1:3.5.0-5 | 298.4 kB | 1,149.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1:3.5.0-5 | 288.9 kB | 1,040.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1:3.5.0-5 | 299.0 kB | 820.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 315.0 kB | 1,102.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1:3.5.0-5 | 353.1 kB | 1,184.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 397.7 kB | 2,092.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 310.7 kB | 1,132.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1:3.5.0-5 | 285.8 kB | 1,321.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 332.0 kB | 1,469.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1:3.5.0-5 | 336.8 kB | 1,341.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1:3.5.0-5+b1 | 342.7 kB | 998.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 1:3.5.0-5 | 302.9 kB | 1,185.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 394.8 kB | 1,149.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 272.9 kB | 2,115.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 1:3.5.0-5 | 346.8 kB | 1,096.0 kB | [ファイル一覧] |