パッケージ: fastahack (1.0.0+dfsg-11 など)

[ ソース: libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

その他の fastahack 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, hppa, ia64, m68k 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

fastahack のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	11.7 kB	84.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.0.0+dfsg-11	12.0 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.0+dfsg-11	11.5 kB	84.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.0+dfsg-11	11.4 kB	35.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.0+dfsg-11	11.3 kB	35.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	11.9 kB	36.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.0+dfsg-11	12.2 kB	43.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	13.3 kB	49.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	11.9 kB	43.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.0+dfsg-11	11.8 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	12.1 kB	84.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11	12.0 kB	84.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b1	11.7 kB	37.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.0+dfsg-11	11.9 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	12.5 kB	83.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	11.5 kB	1,045.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.0.0+dfsg-11	12.0 kB	39.0 kB	[ファイル一覧]