[ ソース: discosnp ]
パッケージ: discosnp (1:2.6.2-3 など)
discosnp に関するリンク
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [colibread.inria.fr]
類似のパッケージ:
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
その他の discosnp 関連パッケージ
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- dep: bc [m68k, sh4]
- GNU bc: 任意精度の計算言語
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- dep: gatb-core [m68k, sh4 以外]
- Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
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- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4 以外]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [amd64, m68k, sh4 以外]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, sh4 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [hppa, m68k, sh4 以外]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, m68k, sh4 以外]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: python [m68k, sh4]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python3 [m68k, sh4 以外]
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [m68k, sh4 以外]
discosnp のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,407.7 kB | 3,063.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,421.7 kB | 2,904.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,407.9 kB | 3,060.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 1:2.6.2-1 | 1,416.6 kB | 2,789.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,435.4 kB | 3,315.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1.2.6-2 | 121.2 kB | 299.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1:2.6.2-3+b1 | 1,401.1 kB | 3,121.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,425.6 kB | 3,263.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1:2.6.2-3+b1 | 1,426.6 kB | 3,124.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,414.9 kB | 2,772.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1.2.6-2 | 148.7 kB | 299.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,394.9 kB | 7,048.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,405.4 kB | 2,686.0 kB | [ファイル一覧] |