パッケージ: centrifuge (1.0.3-12 など)

[ ソース: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

その他の centrifuge 関連パッケージ

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.34) [ia64 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa 以外]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

centrifuge のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.0.3-12	551.6 kB	1,711.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.3-12	506.3 kB	1,597.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.3-11	597.6 kB	1,679.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.3-12	779.7 kB	3,011.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.3-12	529.9 kB	1,893.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.3-12	564.4 kB	1,789.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.3-12	586.5 kB	1,405.0 kB	[ファイル一覧]