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パッケージ: miniasm (0.3+dfsg-2)

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類似のパッケージ:

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, science::calculation, 目的: 計算, use::comparing, works-with::biological-sequence

その他の miniasm 関連パッケージ

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hppa (非公式の移植版) 30.0 kB67.0 kB [ファイル一覧]
i386 31.9 kB74.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 26.2 kB66.0 kB [ファイル一覧]
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mipsel 30.0 kB77.0 kB [ファイル一覧]
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