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パッケージ: libhts3 (1.13+ds-2)

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C library for high-throughput sequencing data formats

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension ‘csi’ (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

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アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
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amd64 385.8 kB950.0 kB [ファイル一覧]
arm64 352.1 kB882.0 kB [ファイル一覧]
armel 334.6 kB842.0 kB [ファイル一覧]
armhf 339.4 kB626.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 404.8 kB1,042.0 kB [ファイル一覧]
i386 418.6 kB1,042.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 498.0 kB1,870.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 344.7 kB854.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 353.5 kB1,035.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 367.1 kB1,003.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 415.0 kB1,435.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 422.8 kB1,371.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 (非公式の移植版) 351.8 kB681.0 kB [ファイル一覧]
s390x 353.2 kB982.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 435.5 kB800.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 338.7 kB925.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 383.6 kB898.0 kB [ファイル一覧]