パッケージ: libfreecontact-perl (0.08-9 など)

[ ソース: libfreecontact-perl  ]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, 役割: 開発ライブラリ

その他の libfreecontact-perl 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21) [alpha 以外]

  fast protein contact predictor library

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21) [alpha]

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, hppa, ia64, m68k 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [alpha, sh4 以外]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b1) [sh4]

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• dep: perlapi-5.38.2 [alpha, armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32 以外]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

libfreecontact-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.08-9+b1	62.4 kB	226.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.08-9+b4	62.3 kB	213.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.08-9+b4	60.5 kB	224.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.08-9+b4	60.8 kB	204.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.08-9+b4	59.8 kB	192.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.08-9+b4	63.2 kB	213.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.08-9+b4	62.7 kB	216.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.08-9+b4	64.7 kB	258.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.08-9+b4	62.2 kB	216.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.08-9+b4	59.7 kB	226.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.08-9+b4	61.9 kB	225.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.08-9+b4	62.1 kB	225.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.08-9+b2	61.0 kB	196.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.08-9+b4	62.2 kB	209.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.08-9+b5	64.6 kB	224.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.08-9+b4	59.8 kB	1,187.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.08-9+b4	62.4 kB	208.0 kB	[ファイル一覧]