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パッケージ: kleborate-examples (2.4.1-3)

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類似のパッケージ:

tool to screen Klebsiella genome assemblies (example data)

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

This package provides example data end tests that are used in autopkgtest.

その他の kleborate-examples 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • enhances

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