[ ソース: gubbins ]
パッケージ: gubbins (3.3.3-1 など)
gubbins に関するリンク
Debian の資源:
gubbins ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [sanger-pathogens.github.io]
類似のパッケージ:
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
その他の gubbins 関連パッケージ
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- dep: fasttree [amd64, i386 以外]
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
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- dep: python3-multiprocess [amd64, i386]
- better multiprocessing and multithreading in Python
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- dep: python3-nose [amd64, i386 以外]
- test discovery and running for Python3 unittest
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- dep: python3-numpy [amd64, i386]
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
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- dep: python3-reportlab [amd64, i386 以外]
- ReportLab library to create PDF documents using Python3
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- dep: python3-scipy [amd64, i386]
- scientific tools for Python 3
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- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- rec: iqtree
- efficient phylogenetic software by maximum likelihood
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- rec: python3-numba
- native machine code compiler for Python 3
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- sug: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
gubbins のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 2.3.5-1 | 53.5 kB | 201.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 3.3.3-1 | 89.4 kB | 474.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 3.3.3-1 | 90.5 kB | 477.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 2.3.5-1 | 46.0 kB | 174.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 2.3.5-1 | 55.4 kB | 312.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 (非公式の移植版) | 2.3.5-1 | 48.1 kB | 168.0 kB | [ファイル一覧] |